Referierender an der Universität St. Gallen

Im Jahr 2003 beendete Knäbel seine Spielerkarriere und wurde Technischer Direktor beim Schweizer Serien­meister FC Basel. 2006 folgte der interne Wechsel zum Nachwuchschef. Von September 2009 bis Sep­tember 2014 war er Technischer Direktor des Schweizer­ischen Fußball­ver­bandes. Zwischen 2014 und 2016 war er als „Direktor Profifußball“ beim Hamburger SV sportlicher Leiter der Profi­fuß­ball­ab­teilung. Von 2018 bis 2021 verant­wortete er als technischer Direktor die Knappen­schmiede & Entwicklung des FC Schalke 04 und übernahm anschließend den Posten als Vorstand Sport und Kommunikation. Zur Saison 2023/2024 verließ er den FC Schalke 04 auf eigenen Wunsch. Seit 2017 bis 2025 war Knäbel als Fußballexperte beim Schweizer Fernsehen und bei Analysen der Spiele der UEFA Champions League zu sehen, im Mai 2025 wurde er zum neuen Präsidenten des Schweizerischen Fußballverbands (SFV) gewählt.