Im Jahr 2003 beendete Knäbel seine Spielerkarriere und wurde Technischer Direktor beim Schweizer Serienmeister FC Basel. 2006 folgte der interne Wechsel zum Nachwuchschef. Von September 2009 bis September 2014 war er Technischer Direktor des Schweizerischen Fussballverbandes. Zwischen 2014 und 2016 war er als „Direktor Profifussball“ beim Hamburger SV sportlicher Leiter der Profifussballabteilung. Von 2018 bis 2021 verantwortete er als technischer Direktor die Knappenschmiede & Entwicklung des FC Schalke 04 und übernahm anschliessend den Posten als Vorstand Sport und Kommunikation. Zur Saison 2023/2024 verliess er den FC Schalke 04 auf eigenen Wunsch. Seit 2017 bis 2025 war Knäbel als Fussballexperte beim Schweizer Fernsehen und bei Analysen der Spiele der UEFA Champions League zu sehen, im Mai 2025 wurde er zum neuen Präsidenten des Schweizerischen Fussballverbands (SFV) gewählt.